Разбира се, властите провели старателно разследване. Специална комисия подробно изследвала кораба и установила още няколко изумителни факта.

     На палубата на “Мари Селест” били открити следи, свидетелстващи за това, че корабът вероятно се е блъснал в нещо непознато. Следите били от надраскване, направено от някакъв остър или режещ предмет, при това те се виждали от всички страни на височина около 50 см. над ватерлинията.

     Може би някакъв кораб се е приближил опасно близко до “Мари Селест”? Този тайнствен кораб би трябвало да бъде нещо от рода на подводница (през 1872 г.!), за да може след като отвлече екипажа на бригантината, да изчезне толкова бързо, че от “Дей Грация” никой нищо да не забележи.

На палубата на “Мари Селест” били открити следи за това, че корабът вероятно се е блъснал в нещо непознато.

     Освен това от дясната страна на кораба бил открит дълъг прорез, чиито произход било невъзможно да се установи. Той не бил направен с никой от познатите дотогава уреди и инструменти.

     Тъй като не намерила логично обяснение на цялата история, прокуратурата хвърлила подозрението върху капитана на “Дей Грация” - Мурхаус и, разбира се, на целия екипаж. Заподозрели ги в убийство на екипажа на “Мари Селест”, а целта на това убийство била да бъде получена наградата за откриването на дрейфуващ кораб и неговият товар. Като се има предвид и едното, и другото, наградата нямало да бъде малка!

     Следствието по делото било прекратено, но в продължение на 14 години екипажът на “Дей Грация” не можел да отхвърли подозрението. Едва през 1886 г. били обявени резултатите от лабораторните изследвания, които установили, че никъде не са намерени следи от престъпление.